开专票对方为什么要收取我百分之三的费用?
一般是对小规模纳税人企业来说的，小规模纳税人企业适用3%的增值税征收率。
但是小规模纳税人不能开具专用发票，如果对方是一般纳税人需要开具专用发票的话，可以到税务局申请代开3%税率的增值税专用发票，这样对方收到可以抵扣3%的进项税额。
开百分之三的发票为什么要交百分之六的税?
增值税小规模纳税人没有6%的税率，应是税率选择错误。
依据《增值税暂行条例》规定：
第十一条
小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，并不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式：
应纳税额=销售额×征收率
小规模纳税人的标准由国务院财政、税务主管部门规定。
(原：第十一条小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行简易办法计算应纳税额。
小规模纳税人的标准由财政部规定。)
第十二条
小规模纳税人增值税征收率为3%。
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