员工自离公司应当支付其应得的工资，按照《劳动合同法》第37条的规定：员工离职提前30天或试用期3天，通知用人单位，不需要理由更不需要任何人批准，时间到了就可以离职走人。此外，根据《工资支付暂行规定》明确规定的，在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。只要上班了，提供了劳动，就应该有权利主张获得报酬，单位不得拖欠和克扣劳动者的工资。
现实生活中，如员工无故自离不向单位通知，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。这种不辞而别的行为是不符合法律规定的，单位可以按照《劳动法》的规定，对旷工达到一定天数的员工予以除名处理，依法出具解除劳动合同证明，依法结清工资。但是员工无故自离很有可能没有对工作进行交接、办理离职手续，有可能违反合同约定，给公司造成损失的，需要承担赔偿责任。因此，员工自离后用人单位一般都会扣押员工的工资，抵扣损失或违约金。
公司以没有提交离职申请为理由，拒绝支付员工工资的情况下，员工可以通过邮件发送辞职申请。保留快递清单，复印离职书，到期后要求公司支付其工资和办理离职手续，用人单位拒绝支付其工资的或开具离职证明的，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报或者申请劳动仲裁维护自己的合法权益。