算机软件的知识产权保护可以通过两种主要方式进行保护，即“专利保护”和“著作权登记”方式。
两种方式均可以对计算机软件的使用权、传播权力、经济权力等给予法律上的保护，但应用对象、保护方式和保护力度等略有不同。
首先是通过专利的方式进行保护。即依据《中华人民共和国专利法》的规定，向知识产权局提交专利申请的方式。这种方式保护力度大，但要求较为严苛，不仅要提出某种问题的解决或者改进方案，更要给出完整可行的实行方案。
举例来说，编写一种将汉字以某种方式分类存储的软件并不能获得专利许可，因为这种软件只是制定和运用了新的规则，但并未给出这种规则的适用方式；而以某种方式将汉字分类存储后，再以一种方式或设备可以更高效地将汉字录入计算机系统的程序，则有可能获得专利许可，因为这是对现有技术的改进，且给出了完整可行的实用方案。我们日常可能接触到的获得专利权的软件大多是一些系统的操控软件，比如数控车床的控制软件、扫地机器人的控制软件等。相关的依据有《专利法》和《专利审查指南》等。
其次可以通过进行计算机软件著作权登记的方式进行保护。即根据《民法典》、《计算机软件著作权登记办法》等向中国版权保护中心申请著作权登记。此种方式的保护方式类似于文学、影视等作品的方式保护计算机软件著作权人的合法权益。以此种方式需要软件的著作权人向版权局递交身份证明、登记申请表、软件的鉴别材料等进行申请，并且可以申请将源程序、文档等进行封存，以便日后比对。如软件著作权需要转让的，可以向中国版权保护中心提出申请。