国法（2011）35号《国务院法制办公室关于依法做好征地补偿安置争议行政复议工作的通知》规定，被征地集体经济组织和农民对有关市、县人民政府批准的征地补偿、安置方案不服要求裁决的，应当依照行政复议法律、法规的规定向上一级地方人民政府提出申请。
而根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条第三款、《征收土地公告公告办法》第十条等规定，征地补偿安置方案的颁布和实施，分为市、县人民政府土地行政主管部门在听取意见基础上报批，市、县人民政府批准后，再由市、县人民政府土地行政主管部门公告并组织实施等不同阶段，由不同主体共同完成。故当复议申请人向市政府申请行政复议时，可申请复议审查的是区政府对补偿安置方案的批准行为、国土分局制定并公告补偿安置方案行为、亦或是补偿安置方案中的某一项补偿标准行为。因此被征收人申请行政复议时应当明确申请复议审查的对象是批准行为、还是补偿安置方案，请求复议机关撤销的是批准行为还是补偿安置方案；
当被征收人提起行政复议时，其也可根据《中华人民共和国行政复议法实施条例》第十三条有关“下级行政机关依照法律、法规、规章规定，经上级行政机关批准作出具体行政行为的，批准机关为被申请人”的规定，确定适格的被申请人。
但由于法律规定不明确以及《中华人民共和国行政复议法实施条例》第十三条与《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第十九条有关“当事人不服经上级行政机关批准的行政行为，向人民法院提起诉讼的，以在对外发生法律效力的文书上的机关为被告”规定可能存在认识上的不一致，法院在确定涉案被告时，可以释明在不同情况下的被告适格问题；但在被征收人拒绝更改被告参加诉讼的情况下，人民法院仍可仅将复议机关和行政复议被申请人列为共同被告，并对复议决定和行政行为的合法性进行审查。不能让被征收人承担了现行法律规定不明确的责任，又不利于及时对补偿安置合法性进行实体审查，促进争议尽快解决。
此外，法院在继续审理复议决定以及其维持的行政行为时，也可参考《最高人民法院行政法官专业会议纪要（五）》规定精神，结合补偿安置进展情况、补偿安置分歧原因、被征收人实质诉求等情况，引导被征收人正确选择被诉行政行为、适格被告，建议被征收人起诉补偿安置协议、补偿决定、请求履行补偿安置职责诉讼或请求作出补偿决定诉讼、或者提起确认强制拆除行为违法并赔偿动产、不动产等损失诉讼等；人民法院在针对上述类型诉讼中对补偿安置方案的合法性可以依申请予以一并审查。