《中华人民共和国行政处罚法》第六十条规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。
这条规定是2021年行政处罚法修订后新增的，主要是为了防止久拖不决，使经济社会秩序长期处于不确定状态，影响当事人的合法权益。
01行政处罚期限的起算点
行政处罚期限的起算点是案件立案之日。根据《中华人民共和国行政处罚法》第54条规定，符合立案标准的，行政机关应当及时立案。也就是从案件立案通知书落款之日起计算。
02行政处罚期限
考虑到多数行政处罚案件的办理情况，本条规定的行政处罚期限为90日，即自行政处罚案件立案之日起90日内，行政机关应当根据本法第57条的规定，作出行政处罚决定。
90日是基本办理期限，但考虑到一些领域行政处罚案件具有特殊性，允许有关法律法规规章对行政处罚期限作了专门规定。
如公安、反垄断、证券、生态环保等领域的案件办理具有一定特殊性，本条为例外规定留了余地。
一是规章以上的法律规范都可以规定例外。行政处罚案件办理期限不能都按照90日的最长期限办理，需要结合实际情况繁简分流。
如《公安机关办理行政案件程序规定》第165条第1款规定：“公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。办理其他行政案件的，有法定办案期限的，按照相关法律规定办理。”
又如，市场监管总局2018年制定的《市场监督管理行政处罚程序暂行规定》第27条规定，适用一般程序办理的案件应当自立案之日起90日内作出处理决定；因案情复杂或者其他原因，不能在规定期限内作出处理决定的，经市场监督管理部门负责人批准，可以延长30日；案情特别复杂或者有其他特殊情况，经延期仍不能作出处理决定的，应当由市场监督管理部门负责人集体讨论决定是否继续延期，决定继续延期的，应当同时确定延长的合理期限。
二是可以规定扣除期限。如依法需要检验、检疫、检测、公告、听证、拍卖、专家评审、鉴定，或者委托有关行政机关调查取证的，所需时间不计算在法定期限内。
此外，由于行政处罚法没有规定时间的中止、中断、终止、延期等，在进行配套立法时，可以考虑作出补充规定，以填补立法漏洞。
案例：杨绍文与东莞市生态环境局、东莞市人民政府环境保护行政管理（环保）一案行政二审判决书
法院对关于案涉行政处罚的程序问题认定。东莞市生态环境局于检查次日即2019年6月6日对杨绍文的案涉违法行为立案，于2019年8月27日作出案涉行政处罚，符合《环境行政处罚办法》第五十五条：“环境保护行政处罚案件应当自立案之日起的3个月内作出处理决定。案件办理过程中听证、公告、监测、鉴定、送达等时间不计入期限。”之规定。杨绍文主张案涉行政处罚超期作出，与事实不符，本院不予采信。
三是可以自我承诺办理时限。行政机关对办理期限作出明确承诺的，应当在承诺期限内办结。
四是超出办案期限的，属于程序违法，当事人可以据此提起行政复议或者行政诉讼，视情况确认行政处罚决定违法、确认无效、撤销或者变更行政处罚决定。
但是在实践中，因办案期限超期的严重程度不同，认定为程序瑕疵以及程序违法的情况也不同。
01
法院对超期处罚的程序问题认定为程序瑕疵。
如河南阀匠创意品有限公司、洛阳市西工区市场监督管理局质量监督检验检疫行政管理一案：
市场监督管理局超期处罚8天，程序轻微瑕疵，但并不影响行政行为的效力。虽然西工区市场监督管理局作出的行政处罚，超期8天，程序上存在轻微瑕疵，但该瑕疵并不影响该案违法行为的认定，且对阀匠公司的权利义务没有实际影响，并不至于产生撤销行政处罚决定的后果。
02
法院对超期处罚的程序问题认定为程序违法。
如赵福智诉郑州市公安局郑东分局一案：
本院认为，《中华人民共和国治安管理处罚法》第九十九条规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。为了查明案情进行鉴定的期间，不计入办理治安案件的期限。本案于2012年5月31日受理，于2013年11月11日对王俊芝作出行政处罚，期间2012年6月1日-2012年6月5日为鉴定期间，扣除上述鉴定期间外，郑东分局也明显超出法定办案期限。嫌疑人之一在逃，并不影响本案的调查取证及对王俊芝作出处理，上诉人郑州市公安局郑东分局该理由不能成立。
根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第八十二条规定，对无正当理由不接受传唤或者逃避传唤的人，可以强制传唤。被上诉人王俊芝的常住人口基本信息上显示其有明确的住址和工作单位，必要时公安机关可以对其强制传唤。上诉人郑东分局称违法嫌疑人王俊芝经公安机关依法传唤，迟迟不到案，不予配合公安机关进行调查取证工作，导致办案期限过长的理由亦不能成立。且公安案卷中未见上一级公安机关关于批准延长办案期限的相关文件，亦无其他正当理由，故上诉人郑东分局所作被诉行政处罚超期违法。
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