自认是民事诉讼证据规则中的一项重要制度。当事人对于对方当事人不利事实主张予以承认的，可以免除对方当事人的举证责任，这既增加了司法效率，也不违背公平正义。可是实践中，也出现了当事人利用自认制度谋取非法利益的情况。这需要司法机关对于当事人的自认行为进行严格审查，要跳出个案来看待当事人的自认是否损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。对于以损害其他主体合法权益为目的的自认行为，应当依法确认其不符合自认条件。
一、可能损害国家利益、社会公共利益的不利事实主张，不适用自认制度
国家利益与社会公共利益，需要特定主体予以维护。对方当事人不利事实主张可能损害国家利益、社会公共利益，即使当事人予以承认，也不能免除对方当事人的举证责任。因为当事人的承认行为，法律后果并非仅为自身的利益的损失，还存在其他主体利益的损失。自认的制度的基础是当事人对自己利益的处分。若处分行为超出自己的利益范围，则不宜适用自认制度，以免损害其他主体的合法权益。
对可能损害国家利益、社会公共利益的不利事实主张，虽然不适用自认制度。但当事人予以承认的行为并非全无法律意义。人民法院在审查相关事实主张时，将会侧重审查相关不利事实主张对国家利益、社会公共利益形成的损害。若通过审查，损害国家利益、社会公共利益的可能可以排除，则可以按照一般不利事实主张确认当事人自认是否成立。若确实损害国家利益、社会公共利益，可在避免国家利益、社会公共利益受损的情况下，尊重当事人对自己利益的处分，进行裁判。
二、身份关系，不适用自认。
身份关系系人格利益，其不仅体现个体的权利存在，也体现着社会公共需要。对于基本的人格利益，即使是民事主体本身亦不能随意放弃。故对于身份权法律关系的调整，需要严格按照法律规定，尊重公序良俗，维护基本伦理秩序。
关于婚姻、家庭、收养等案件，不能因为当事人的自认，就可以确认双方不存在特定的身份关系。对于身份关系，还是需要根据调查的事实予以认定。若是仅凭当事人的主张，就可以确认双方是否存在婚姻关系、亲子关系等身份关系，将会对现有的法律体系形成冲击。因此相关身份关系，需要以查明的事实为基础，通过法律适用来确认。
虽然身份关系的确认不适用自认。但与身份关系有关的财产关系，则可以适用自认制度。例如离婚案件中关于共同财产共同财产的自认；亲子关系中的抚养费、赡养费均可以适用自认。
三、损害特定、不特定众多民事主体的公益性案件事实，不适用自认
司法实践中，一些案件社会影响广，违背社会公共利益，侵害众多民事主体合法利益。被侵害一方有时人数是特定的，有时则不是不特定的。对于此类案件，当事人可以自行起诉；根据民事诉讼法的规定，法律规定的机关和有关组织也可以向人民法院提起公益诉讼。实践中，主要由人民检察院提起公益诉讼。
不论民事主体的是否特定，其案件性质若可归属公益诉讼，则必然涉及社会公共利益损害。对于公益诉讼案件，涉及的社会公共利益归属数量不特定的社会成员。因此可以将公益诉讼理解为涉及社会公共利益的案件，不适用自认制度。不过公益诉讼中，明显属于私人利益的部分，应当允许当事人自我处分。
四、可能损害他人合法权益，不适用自认
自认制度的法理基础是当事人对自己的合法利益的处分。可是实践中，一些案件，当事人对对方当事人不利事实主张的承认，可能涉及到其他主体的合法权益。一旦不利法律后果及于当事人，可能会对第三方的合法利益亦产生影响。此时，若确认当事人的承认行为属于自认，法律后果将溢出当事双方，及于第三方。
实践中这样的情况非常多，比如离婚诉讼中当事人对对方当事人不利的财产主张承认，从而影响到第三人的合法债权实现。侵权案件中当事人承认对方当事人的全部主张，意图排除其他侵权人的侵权责任。合同案件中，承认对方当事人关于涉案财产优先权的主张，损害其他债权人的利益。这些表现，都涉及到第三人利益，依法应根据调查事实进行确认，不能仅依据当事人对不利事实的主张的承认，就简单进行裁判。
五、程序事项，不能自认
程序事项，需要严格依据法律进行。不能因为当事人的承认行为而进行任意改变。当然，部分程序事项需要对当事人意见进行征求，例如是否申请回避，是否申请延期开庭等。当事人的主张，人民法院在审理案件时应当进行充分参考。但程序事项，并不是当事人自认的范畴。当事人、法院均不能违反程序规定，这是法律对民事诉讼程序开展的要求。任何人不得违背。
六、庭审已查明的事实，不适用自认
追寻事实真相一直是司法工作的重要目标。虽然当事人对一些不利事实主张进行了承认，但这并不意味着事实已经清楚明白。当事人对于不利事实主张的认可可能基于各种原因。出于效率的考虑，若当事人对自己的利益进行了处分，司法机关应当给予尊重。对于对方当事人不利的事实主张，经法官释明法律后果后，当事人仍予以承认的，应当视为对自己的利益处置。
可是，尊重当事人不意味着否认事实真相的意义。在查明事实与当事人承认的事实主张不相符的时候，仍要以查明事实进行裁判。当事人在诉讼中可以放弃自己的利益，对此只要不违反法律规定，不违背公序良俗，人民法院应当尊重。二者并不矛盾。