合同的签订不能背离招投标文件所载的实质性内容或者再行签订背离合同实质性内容的其他协议。实质性内容指招标文件和投标文件所确定的基本内容包括招标方对招标文件的澄清、修改、补充等内容。主要指工程价款、投标方案、工程工期、质量标准等，否则应承担法律责任。
应特别注意合同中专用条款的约定。建设工程合同一般分为通用条款和专用条款，通用条款是指适宜于所有的招投标建设工程的条款，属于格式条款，专用条款是指仅适用于具体工程建设，由当事人双方约定的条款，高质量的合同主要体现在专用条款的约定上，专用条款越细化、越准确越好。其中最重要的需注意几点是：
一、发包方、承包方为工程施工创造条件和创造环境的权利和义务分担的约定。我国一般在合同中约定由承包人承担，其费用则由发包方承担；承包方的主要工作为负责施工场地周围地下管线和邻近物、构筑物、文物、古树名木的保护，但费用由建设方承担等。
二、合同价款的约定。合同价款的方式有三种：固定价格、可调价格、成本加酬金价格，采用哪一种价格方法由双方协商确定，若采用固定价格则应有合同价款包括的风险范围。
三、合同工期的约定。主要是约定除因发包人、监理工程师的原因和设计原因，停电、停水、停气及不可抗力原因造成的出现工期顺延以外的具体情形，如有人为的阻挠施工、非由于施工人的原因，设备、机械的突然损坏等，此等情形方可顺延。
四、隐蔽工程和中间验收 。应约定中间验收的具体部位及验收的具体方式方法、验收程序、验收要求等。
五、材料、设备供应的约定。应详细约定如由发包人负责材料和设备时的责任承担或由承包人负责供应时的责任承担。一般地说，发包人负责供应时责任要重于承包人，但发包人得到的好处是可以节约工程造价，对此，发包人享有选择权。
六、工程分包的约定。双方应约定要分包的具体工程名称和承担分包工程的具体施工单位 ，最好再约定就分包工程三方签订单独合同。
七、违约责任的约定。对违约金的约定要符合法律规定，不能过分高于或低于一方违约给对方造成的损失；此外，还应约定违约损失的范围，特别是可得利益的损失的范围。
八、解决纠纷方式的约定。可约定协商、仲裁、诉讼三种方式，协商不成的，可以提交仲裁或诉讼，但不能在合同中同时约定既可仲裁又可诉讼，只能约定二者之一。