合作建房(开发)合同纠纷中法院通常会按以下情况处理：
1. 当事人请求分配需经有批准权的人民政府主管部门批准而未经批准、未取得建设工程规划许可证或擅自变更建设工程规划的房地产项目利益的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。
2. 利用宅基地合作建房合同被确认无效后，房屋归宅基地”两证一书”的申办人所有；同时，由宅基地”两证一书”申办人将投资款及利息返还出资人。
3. 超出规划建筑面积的房产，补办批准手续后合作双方对该部分房产的分配协商不成的，一方当事人请求按合作合同约定的利润分配比例分割的，应予支持；对该部分房产增加的投资额的承担比例，协商不成的，应按约定的投资比例或利润分配比例承担。
4. 当事人违反规划开发建设的房屋，被有关行政管理部门认定为违法建筑并责令拆除的，合同当事人对损失的承担比例协商不成的，应按双方过错大小、投资比例或利润分配比例确定。
5. 合作建房合同约定仅以投资数额确定利润分配比例，一方当事人未按合同约定的比例出资，请求按合同约定的比例分配利润的，不予支持，双方利润按实际投资比例分配。
法律依据《民法典》、《合同法》、《土地管理法》、《城市房地产管理法》、国务院《城市房地产开发经营管理条例》、《深圳经济特区房地产转让条例》、最高人民法院《关于审理涉及国有土地使用权纠纷案件适用法律问题的解释》。