《中华人民共和国行政诉讼法》第六条规定，人民法院审理行政案件，对行政行为是否合法进行审查。第四十三条第二款规定，人民法院应当按照法定程序，全面、客观地审查核实证据。结合第七十条规定，人民法院对被诉行政行为合法性审查原则，是指人民法院应当对被诉行政行为的合法性进行全面、客观的审查，不受原告诉讼请求和理由的限制；对被告作出的行政行为审查的主要内容包括：主要证据不足，适用法律、法规错误，违反法定程序，超越职权，滥用职权，明显不当六个方面。无论原告是否对前述六个方面提出异议，人民法院都必须逐一进行合法性审查。
颁发集体土地承包经营权证的行为，系对村民依法享有的承包经营民事权利的确认行为。颁证的主要事实是，作为权利人的村民是否依法享有集体土地的承包经营权。人民法院全面审查颁发集体土地承包经营权证行为的合法性，首先应当对获得集体土地承包经营权证的村民是否依法享有集体土地承包经营权进行审查。对颁证行为的主要事实不予审查，无论是判决驳回原告诉讼请求，还是撤销颁证行为，都属于认定事实不清，主要证据不足。
2009年修正的《中华人民共和国农村土地承包法》第十五条规定，家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户。也就是说，只有具备本集体经济组织成员资格的村民，以户为单位依法才享有承包本集体经济组织土地的权利。户籍已经迁出、不再尽本村村民义务，且在其他集体经济组织已经享有村民待遇、履行该村村民义务的人，或者户籍迁往城镇，依法享有城镇居民权利义务的人，不再享有本村村民待遇，不具有承包本村集体土地的权利。
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第二条第一款规定，农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。第七条规定，实行家庭承包的，按下列程序颁发农村土地承包经营权证：（一）土地承包合同生效后，发包方应在30个工作日内，将土地承包方案、承包方及承包土地的详细情况、土地承包合同等材料一式两份报乡（镇）人民政府农村经营管理部门。（二）乡（镇）人民政府农村经营管理部门对发包方报送的材料予以初审。材料符合规定的，及时登记造册，由乡（镇）人民政府向县级以上地方人民政府提出颁发农村土地承包经营权证的书面申请；材料不符合规定的，应在15个工作日内补正。（三）县级以上地方人民政府农业行政主管部门对乡（镇）人民政府报送的申请材料予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报同级人民政府颁发农村土地承包经营权证；申请材料不符合规定的，书面通知乡（镇）人民政府补正。
第九条规定，农村土地承包经营权证登记簿记载农村土地承包经营权的基本内容。农村土地承包经营权证、农村土地承包合同、农村土地承包经营权证登记簿记载的事项应一致。
第十二条规定，乡（镇）农村经营管理部门和县级以上地方人民政府农业行政主管部门在办理农村土地承包经营权证过程中应当履行下列职责：（一）查验申请人提交的有关材料；（二）就有关登记事项询问申请人；（三）如实、及时地登记有关事项；（四）需要实地查看的，应进行查验。
根据前述规定，颁发农村土地承包经营权证，是县级以上人民政府对承包方享有土地承包经营权的行政确认行为，乡（镇）农村经营管理部门和县级以上地方人民政府农业行政主管部门及县级以上人民政府审核的主要内容应当是承包方是否依法享有合法的农村土地承包经营权。