增值税一般纳税人发生应税销售行为时，需要使用增值税发票管理系统，开具增值税专用发票，增值税普通发票，以及增值税专用或普通电子发票。增值税专用发票只限于增值税一般纳税人领用。增值税专用发票的发票联和抵扣联在使用中有不同的用途。
增值税专用发票由基本联次或基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联，即发票联、抵扣联和记账联。增值税专用发票不同联次有着不同的用途：
1、增值税专用发票发票联。发票联是作为购买方企业核算物料采购成本和增值税进项税额的记账凭证（原始凭证），与付款凭单和内部入库单等作为企业财务入账的依据。购货方根据发票联票面显示的物料名称、数量、金额等内容，办理入库手续，并据此核算物料采购成本，以及增值税进项税的抵扣。其票面的税额为购货方可以抵扣的进项税额，金额为购货方采购物料的不含税采购成本。
比如，某企业为一般纳税人，购入原材料一批，价税合计113000元。购货方收到销货方开具的增值税专用发票，增值税专用发票票面显示，原材料名称、数量、单价、税额、金额和合计等内容，同时企业已经付款并办理入库手续。
则会计处理为： 借 材料采购——XX材料 100000元
应交税金—-应交增值税—-进项税额 13000元
* 银行存款（或应付账款）—–XXX公司 113000元
因此，购货方凭收到的增值税专用发票核算企业的采购成本和增值税进项税额，并作为抵扣企业增值税销项税的抵扣凭证的依据。
2、增值税专用发票抵扣联。抵扣联是企业按照税法的规定，在支付了上一道环节的增值税后，在本环节可以抵扣进项税的原始凭证。当企业定期向当地税务机关进行增值税纳税申报，计算应缴纳增值税时，没有抵扣联是不可以抵扣进项税额的。
那么，也就是说，购货方取得的增值税专用发票抵扣联，为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证。一般情况下，购买方取得的增值税专用发票抵扣联，不会作为原始凭证附在记账凭证的后面，而是单独编号、单独登记，以及独立装订，以备方便查阅。
3、增值税专用发票记账联。记账联相当于销售方的发票联，是销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。增值税专用发票票面上的税额指的是销项税额，金额指的是销售货物的不含税金额。
增值税专用发票的发票联和抵扣联，对于购买方企业非常重要，毕竟涉及企业采购成本的准确核算，且重要的是可以抵扣企业的进项税额，合理企业的税收负担。
总之，增值税专用发票发票联和抵扣联不同的联次有着不同的用途，发票联是企业核算采购成本和增值税进项税的入账依据，而抵扣联是购买方到税务机关办理增值税进项税认证和留存备查的原始凭证。应该说，发票联和抵扣联在增值税进项税抵扣时，二者缺一不可。