依据《建设工程质量保证金管理办法》规定，建设工程质量保证金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。
而所谓缺陷责任期，则是指承包商在工程项目通过竣工验收后，对于项目工程出现质量问题承担修复义务的时期。缺陷责任期一般为6个月、12个月，最多不超过2年，具体由发承包双方在合同中约定。
工程质量保证金的主要作用，即是为了保证一旦项目工程在缺陷责任期出现质量问题，可以由施工单位负责对相应质量缺陷进行及时维修，而不致于令建设单位承担施工单位的缺陷维修责任。这对于保障建设方合法权益、保证项目工程质量有着不可忽视的重要作用，因此，工程质量保证金制度也是我国工程担保制度中的重要组成部分之一。
当然，上述内容主要是从维护建设单位合法权益与保障工程质量角度而言。对于施工单位而言，作为工程质量保证金的缴纳一方，一方面保证金数额不菲，长期占用会对企业造成很大的资金压力；另一方面建设单位拖欠工程质量保证金问题屡见不鲜，施工单位饱受困扰。因此，工程质量保证金的缴纳、退还或纠纷处理问题，有着重要的实务价值。
工程质量保证金的缴纳
依据《建设工程质量保证金管理办法》对工程质量保证金的定义可知，工程质量保证金的缴纳，主要由建设单位从应付的工程款中预留，具体而言，参考《建设工程施工合同（示范文本）》可分为：
一是在支付进度款时逐次扣留，在此情形下，质量保证金的计算基数，不包括预付款的支付、扣回金额；
二是在工程结算时一次性扣留质量保证金。
两种缴纳方式各有不同，实务中在合同未有另行约定的情况下，原则上适用第一种方式，即按支付进度款逐次扣留，这也是实践中建设方常用的一种扣留方式。但需要注意的是，采用“支付进度款逐次扣留”方式，在施工方缴纳了履约保证金的情况下，会与相应管理规定发生冲突。
2017年6月20日，住建部与财务部联合发布《建设工程质量保证金管理办法》，文件第六条规定：
在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。
即是说，在竣工前的施工阶段，发包方已收取承包方履约保证金的，不能再收取承包方的工程质量保证金。
当然，这并不意味着承包方无须再缴纳工程质量保证金，《建设工程质量保证金管理办法》规定的时间仅为项目竣工前，且此举也只是为避免施工企业同时缴纳履约保证金与工程质量保证金，对自身造成过高的资金压力，进而影响工程质量与施工安全等。
项目竣工后，进入缺陷责任期，缺少工程质量保证金的保障，将对建设方的合法权益造成损害，因此，客观上，依旧需要承包方缴纳相应的工程质量保证金。在这种情形下，显然“在工程结算时一次性扣留质量保证金”的方式更为合规适用。此外，《建设工程质量保证金管理办法》第七条明确指出：发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。
工程质量保证金的退还
目前，国内建筑市场普遍存在施工企业缺陷责任期满，但工程质量保证金却难以收回的情况，因此，工程质量保证金的退还相关规定备受各大施工企业关注。
《建设工程质量保证金管理办法》
缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14天内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当按照约定将保证金返还给承包人。对返还期限没有约定或者约定不明确的，发包人应当在核实后14天内将保证金返还承包人，逾期未返还的，依法承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14天内不予答复，经催告后14天内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。
发包人和承包人对保证金预留、返还以及工程维修质量、费用有争议的，按承包合同约定的争议和纠纷解决程序处理。
《建设工程施工合同纠纷解释（二）》
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》对工程质量保证金的具体退还规定：
当事人约定的工程质量保证金返还期限届满；
若当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年；
因发包人原因建设工程未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后起当事人约定的工程质量保证金返还期限届满；当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后起满二年。
《办法》与《解释（二）》对工程质量保证金的返还程序与返还条件作出规定，但需要注意的是：1.《办法》系部门规章，《解释（二）》系审理解释，两者都不是明确的法律规定；2.两份文件内容中对于建设单位拖欠工程质量保证金的行为，都并无明确的行政处罚措施。因此，对于工程质量保证金的法律法规与监管力度建设，依旧亟待建设与完善。
此外 ，工程质量保证金，只是工程担保制度下工程质量担保的现金保证金担保形式，是可以通过保函形式予以代替的。《建设工程质量保证金管理办法》中也指出：采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。如工程质量保证金的保险保函形式即工程质量保证保险，承包方投保后，由保险公司代替其向发包方出具保险保函，既能代替工程质量保证金的担保功能，又能解决工程质量保证金数额高、退还难等问题。
目前，国内对于工程质量保证金的缴纳、返还与惩处等问题的处理，尚无更为正式明确的法律法规，主要的参考依据即为《建设工程质量保证金管理办法》与《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》。