某市房地产企业有意向开发时，先与政府等部门约定，由房地产企业先行垫付土地拆迁费，拆迁费打入政府拆迁办，由拆迁办统一组织实施拆迁，把土地变为净地。政府确权收储后挂牌，摘牌的房地产企业全额缴纳土地出让金后，市财政按地块及及挂牌出让情况，按出让收入的85%作为城改用地征收及拆迁安置成本下达区财政。房地产企业取得前述款项，是否应作为取得该土地使用权而支付的全部经济利益的一部分，征收契税，能否作为土地价款在增值税前扣除，实务中税务机关和房地产企业易有争议，本文梳理相关政策，通过案例进行分析，以飨读者。
一、拆迁由政府组织实施，拆迁办是实施部门
《中华人民共和国土地管理法》第四十六条规定，国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。请示中描述的模式是“由房地产企业先行支付村集体土地拆迁费，拆迁费打入政府拆迁办,由拆迁办统一组织拆迁，把土地变为净地。”由此，可以确定拆迁由政府组织实施，拆迁办是实施部门。
二、房地产企业先行支付的拆迁费是代垫款
《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》（国税函〔2009〕520号），文件中“近接部分地区反映土地使用者将土地使用权归还给土地所有者时，政府收回土地使用权的正式文件如何掌握以及纳税人进行拆除建筑物、平整土地并代垫拆迁补偿费的行为”根据文件名称，可以认定该款项属于代垫款。
既然拆迁的主体是政府，那么房地产企业先行支付集体土地拆迁费，拆迁款打入政府拆迁办，也应认定该款项实际上是代垫款，不是开发成本，会计上应属按往来款处理。政府的拆迁办收到该款项，没有发生增值税的应税行为，不需要开具发票，开具收据既可。
三、摘牌后，收到返还的“土地出让金85%”的处理
招拍挂后，摘牌房地产企业全额缴纳了相应土地出让金后，政府再根据并政发﹝2013﹞12号文件规定返还土地出让金的85%用于支付村民征收拆迁安置成本。根据并财城﹝2019﹞232号可以看出，市财政局会根据地块标号及招拍挂情况，下发该款项给区财政，最终给付房地产企业。
某房地产企业打入政府拆迁办代垫的拆迁款为10000万元，收到政付返还的8000万元。2000万元的差额，差额形成的原因是政府的政策规定，是房地产企业为取得该土地使用权而支付的全部经济利益的一部分，根据财税〔2004〕134号的规定，应作为契税的计税依据。
在增值税处理上“向政府部门支付的土地价款”，据省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据作为土地成本扣除；2000万元的差额，应提供政府拆迁办出具的收据、政府按地块拨付返还款的文件及银行收付款凭证等证明拆迁补偿费用真实性的材料，据实扣除。
如果收到返还的“土地出让金85%”的原因是房地产企业提供建筑物拆除、平整土地并代委托方向原土地使用权人支付拆迁补偿费，属于房地产企业的其他业务收入，应按规定缴纳流转税，并向政府拆迁办按规定开具发票。
附：相关政策
一、契税的计税依据
一）2021年9月1日之前计税依据的规定
1．《中华人民共和国契税暂行条例》（国务院令第224号）第四条第（一）项规定，国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖，契税的计税依据为成交价格。
2．《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）第一条规定，出让国有土地使用权的，其契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。
二）2021年9月1日之后计税依据的规定
《中华人民共和国契税法》第四条第(一)规定，土地使用权出让、出售，房屋买卖，契税的计税依据为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
二、增值税的相关处理
一）房地产企业支付的，包含在土地价款中的拆迁补偿费用，凭省级财政票据扣除
《财政部 国家税务总局关于明确金融 房地产开发教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税﹝2016﹞140号）第七条规定，《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税﹝2016﹞36号）第一条第（三）项第10点中“向政府部门支付的土地价款”，包括土地受让人向政府部门支付的征地和拆迁补偿费用、土地前期开发费用和土地出让收益等。
根据《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第18号）第六条，在计算销售额时从全部价款和价外费用中扣除土地价款，应当取得省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据。
二）房地产企业向其他单位和个人支付的拆迁补偿费用，应提供证明拆迁补偿费用真实性的材料，据实扣除
《财政部 国家税务总局关于明确金融 房地产开发教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税﹝2016﹞140号）第七条规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），在取得土地时向其他单位和个人支付的拆迁补偿费用也允许在计算销售额时扣除。纳税人按上述规定扣除拆迁补偿费用时，应提供拆迁协议、拆迁双方支付和取得拆迁补偿费用凭证等能够证明拆迁补偿费用真实性的材料。
三）房地产企业提供建筑物拆除、平整土地并代委托方向原土地使用权人支付拆迁补偿费，应按规定缴纳流转税
1．营业税时代的政策
《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》（国税函〔2009〕520号）
近接部分地区反映土地使用者将土地使用权归还给土地所有者时，政府收回土地使用权的正式文件如何掌握以及纳税人进行拆除建筑物、平整土地并代垫拆迁补偿费的行为如何征收营业税的问题。经研究，现明确如下：
1）《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函〔2008〕277号）中关于县级以上（含）地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上（含）地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上（含）地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。
2）纳税人受托进行建筑物拆除、平整土地并代委托方向原土地使用权人支付拆迁补偿费的过程中，其提供建筑物拆除、平整土地劳务取得的收入应按照“建筑业”税目缴纳营业税；其代委托方向原土地使用权人支付拆迁补偿费的行为属于“服务业——代理业”行为，应以提供代理劳务取得的全部收入减去其代委托方支付的拆迁补偿费后的余额为营业额计算缴纳营业税。
2．增值税时代的政策
根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附：《销售服务、无形资产、不动产注释》的规定，其他建筑服务，是指上列工程作业之外的各种工程作业服务，如钻井（打井）、拆除建筑物或者构筑物、平整土地、园林绿化、疏浚（不包括航道疏浚）、建筑物平移、搭脚手架、爆破、矿山穿孔、表面附着物（包括岩层、土层、沙层等）剥离和清理等工程作业。
房地产企业负责拆迁、平整土地，属于建筑业—其他建筑服务，其代委托方向原土地使用权人支付拆迁补偿费的行为属于“现代服务业—商务辅助服务—经纪代理服务”。