本文梳理了广州市城市更新项目涉及的各类土地出让金计算方式及相应依据，分为旧村改造项目、旧厂改造项目、完善历史用地征收手续三部分。
一、旧村改造项目
《广州市旧村庄更新实施办法》第四十条
融资地块由政府储备公开出让的，土地出让金以实际成交价格为准。融资地块按照合作改造和自主改造以协议方式出让的，按申请办理土地出让手续时点市场评估价20%计收土地出让金。
村集体经济组织或个人依法将集体建设用地转为国有建设用地的，发生出售、交换、赠与（不含继承）或自行申请补办土地出让时，按申请时点相应土地用途市场评估地价的20%或房屋市场金评估价的5%计收土地出让金。
二、旧厂改造项目
《广州市深入推进城市更新工作实施细则》（穗府办规〔2019〕5号）第（九）条
原土地权利人申请自行改造的“三旧”用地，以协议出让方式供地的，按办理土地有偿使用手续时新规划用途市场评估价的70％缴交土地出让金。“工改工”项目无需缴交土地出让金，但M0用地（新型产业用地）除外。
第（十）条
科研、教育、医疗、体育机构利用自有土地进行城市更新改造的，按《广州市人民政府关于提升城市更新水平促进节约集约用地的实施意见》（穗府规〔2017〕6号）第（七）条的规定缴交土地出让金。
《广州市提高工业用地利用效率实施办法》（穗府办规〔2019〕4号）第二十三条
存量普通工业用地在符合城市规划及区域产业发展政策、不改变土地用途的前提下，经批准在原用地范围内新建、改建、扩建工业项目，且投资强度、容积率等指标符合省、市规定的，应当签订土地供应合同变更协议，增加的建筑面积不再补缴土地出让价款。
《广州市人民政府关于提升城市更新水平促进节约集约用地的实施意见》（穗府规〔2017〕6号）第（七）条第三款
科研、教育、医疗、体育机构经市政府批准，利用自有土地进行城市更新改造的，改造开发后土地用途仍符合《划拨用地目录》的，可继续按划拨方式使用。需办理有偿使用手续的，经批准后可以协穗议出让方式供地，其中，教育、医疗、体育可按照相应地段办公用途市场评估地价的20％计收土地出让金；保留工业用地性质的科研用地在不低于国家、省规定的土地出让最低价前提下，可以按照相应地段办公用途市场评估地价的20％计收土地出让金；市级以上驻穗科研机构的科研用途用地，科研按照相应地段办公用途市场评估地价的20％计收土地出让金；其余商务设施性质科研用地原自有部分可以按照相应地段办公用途市场评估地价的40％、增容部分按照相应地段办公用途市场评估地价的70％计收土地出让金。上述情形项目均须在土地出让合同中明确整体确权、不可分割转让和违反相关规定须按照商服用途补缴土地出让金等内容。
三、完善历史用地征收手续
《广州市深入推进城市更新工作实施细则》（穗府办规〔2019〕5号）第（二十六）条
加快推进“工改工”和“工改商”等完善历史用地征收手续工作。原以划拨方式取得的和完善历史用地征收手续后源的“工改工”用地，涉及以协议出让方式供应的，按办理土地有偿使用手续时同地段工业用途市场评估价的40％缴交土地出让金，“工改商”等用地按本细则第（九）条的规定缴交土地出让金。涉及移交公益性用地的，按本细则第（十五）、（十六）条的规定办理。
完善历史用地征收手续后的“工改商品住宅”或“工改其他公共设施”等用地（旧村改造的除外），由政府按国有土地上旧厂改造政策收储。