财政部国家税务总局关于营改增后契税、房产税、土地增值税、个人所得税计税依据问题的通知》（财税【2016】43号）第三条规定，“土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入”。
为了进一步落实该规定，《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（2016年第70号）第一条对土地增值税应税收入和预征依据进行了如下明确：
一是明确土地增值税的应税收入或预征计征依据的计算方法。公告第一条第一款规定：“营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额;适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。”
按照第一款规定，纳税人在预征土地增值税或土地增值税清算时的计税依据是：
土地增值税应税收入（或预征的计征依据）=销售收入（或预收款）/（1+适用增值税税率或征收率5%）
注：适用增值税税率按照纳税所属期法定增值税税率计算
二是规定土地增值税预征税款时计征依据可以选择简化计算方法。第一条第二款规定：“为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：
土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款”
按照第二款规定，土地增值税预征计征依据可以做如下推导：
土地增值税预征计征依据=预收款-应预缴增值税款
=预收款-预收款/（1+适用增税税率或征收率5%）×增值税预征率3%
根据上述规定可知，纳税人在土地增值税预征环节，既可以按照第一条第一款规定计算公式计算预征的计征依据，也可以选择按照第一条第二款规定的计算公式计算预征的计征依据。但两者计算结果并不相同。选择按照第二款规定的计算公式计算的计征依据大于按照第一款规定的计算公式计算的计征依据。举例说明：
某房地产公司某月收取预收款100万元，适用一般计税方法9%的税率或适用简易计税方法5%的征收率，按照不同计算公式计算结果如下：
1.适用一般计税方法时
（1）按照第一款规定计算公式
土地增值税预征的计征依据=预收款/(1+增值税适用税率)=100/（1+9%）=91.74万元
（2）按照第二款规定的计算公式
土地增值税预征计征依据=预收款-应预缴增值税款
=预收款-预收款/（1+增税税适用税率）×增值税预征率3%=100-100/（1+9%）×3%=97.25万元
按照第二款规定计算公式比按照第一款规定的计计算公式计算的预征的计征依据大5.51万元。
2.适用简易计税方法时
（1）按照第一款规定计算公式
土地增值税预征的计征依据=预收款/(1+征收率)=100/（1+5%）=95.24万元
（2）按照第二款规定的计算公式
土地增值税预征计征依据=预收款-应预缴增值税款
=预收款-预收款/（1+征收率5%）×增值税预征率3%=100-100/（1+5%）×3%=97.14万元
按照第二款规定的计算公式比按照第一款规定的计算公式计算的预征的计征依据大1.90万元。
由此可见，在房地产企业土地增值税预征环节，国家税务总局给纳税人提供了可以选择简化计算预征依据的办法，但选择简化计算办法会增加纳税人在土地增值税预征环节的税收负担。因为公告规定是可以选择简化计算方法，所以房地产企业在计算土地增值税预征的计征依据时，可以根据该公告进行税收筹划，主管税务机关也应当允许企业在两种计算方法之间选择适用。