我国刑事诉讼法第二十七条对指定管辖作了原则性规定。依法、合理地适用指定管辖制度，对于排除不当干扰、促进司法公正意义重大。实践中指定管辖大多发生在法院受理案件之前，在案件开庭审理过程中再通过指定管辖变更审理法院的情形虽不常见，但容易被滥用，且由于这类案件比较重大、复杂、社会影响大，因此对其适用进行规范非常必要。事实上，最高人民法院已经意识到指定管辖在实践中时常被滥用，因而在2021年颁布的《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》（以下简称《刑诉解释》）第二十条专门强调，只有在更为适宜的时候，才可以通过指定管辖变更审理法院。
在案件审理过程中原则上不宜再通过指定管辖变更审理法院。首先，管辖法定原则要求慎重适用指定管辖。为了尽可能避免通过挑选法院影响裁判结果的情形发生，减少人为因素对司法的影响，防止对司法公正和公信力造成损害，现代刑事诉讼普遍确立管辖法定原则，只有在万不得已的情况下基于司法公正的需要才允许指定管辖。因此，以管辖法定为原则、指定管辖为例外，已成为现代刑事诉讼管辖制度的基本要求。其次，在开庭审理过程中再通过指定管辖变更审理法院会导致诉讼拖延。法院一旦对案件开庭审理，上级法院再通过指定管辖变更审理法院，意味着已有的审理全部作废，而且还得由另一检察院重新审查起诉，然后案子回到新的法院完全从头开始。这种诉讼拖延，一方面会对国家有限的司法资源造成极大浪费，另一方面导致案子久拖不决，侵犯被告人获得及时审判的权利。最后，审理过程中通过指定管辖变更审理法院，一般难以取得较好的社会效果。在案件本来已经依法进入审理程序的情况下，又通过指定管辖变更审理法院，临时排除对此案已进行部分审理的法院之管辖权，一方面容易让人联想到是上级法院对审理此案的法院不信任；另一方面，还有可能是通过管辖权的转移，追求一些不正当的目的，例如可能是由于公诉方准备不足致使已有的庭审效果不佳，试图通过指定管辖重新审判以达到较好的庭审效果等。
指定管辖既然是对法定管辖的必要补充，因而也就不排除在特殊情况下，即便法院已经对案件开庭审理，上级法院也可以通过指定管辖变更审理法院。但是，针对正在审理的案件，上级法院再通过指定管辖变更审理法院的权力应当受到严格的限定。具体来说，仅限于以下法定情形：一是正在办理此案的法院、检察院因本单位领导需要回避，或者案件与本单位存在利益牵连关系，不宜继续审理。例如，在王成忠涉嫌枉法裁判罪案中，由于二审法院是被告人王成忠的工作单位，法院的领导、审理此案的法官与被告人王成忠存在上下级、同事关系，最终省高级人民法院通过指定管辖变更了此案的二审法院。二是办理此案的法官、检察官涉嫌违法犯罪，尤其是涉嫌收受本案当事人贿赂的。例如在王永明涉黑案的开庭审理中，王永明的辩护人当庭举报此案的公诉人向被告人索贿30万元，从而使得本案继续审理的公信力受到质疑，随后上级法院通过指定管辖变更了审理法院。三是因不可抗力事件且短期内不能解决导致法院难以继续审理此案的。例如，因发生重大灾害导致法院短期内无法恢复正常庭审的；再如因法官病逝或有重大疾病，导致难以组成合议庭的。总之，既然案件已经进入审理程序，再通过指定管辖变更审理法院就应慎之又慎，不到万不得已，没有必要再指定管辖；否则，就涉嫌基于不正当目的而滥用指定管辖权。
为遏制指定管辖的滥用，有必要确立相应的救济机制。《刑诉解释》第二百二十八条虽然对管辖权异议问题作出了规定，但在实践中很难发挥对指定管辖滥用的救济。与法定管辖相比，针对指定管辖的管辖权异议有其特殊性，这是因为：一方面，就管辖依据而言，法定管辖的确立依据相对比较明确，享有指定管辖权的法院究竟指定哪个法院管辖的依据则相对模糊。另一方面，接受指定管辖的法院对于取得管辖权本身就是被动的，是否获得被指定管辖权完全取决于上级法院；一旦接收到上级法院的指定管辖决定，基于上下级法院的监督关系，被指定管辖的法院无权审查上级法院指定管辖的正当性。即便当事人提出管辖权异议，被指定管辖的法院常常以上级法院的指定管辖决定为依据确认自己享有管辖权，至于上级法院的指定管辖决定是否合法、正当则在所不问。这就意味着在现行法律和司法解释下，当事人对指定管辖的救济基本处于失灵状态。因此，针对指定管辖的管辖异议，有必要赋予当事人特殊的救济途径，允许当事人向作出指定管辖决定的法院提出异议；对其异议处理不服的，还应允许当事人向作出指定管辖决定的法院之上级法院申请复议，由此强化上级法院对下级法院指定管辖的监督。
鉴于案件已进入开庭审理，起诉方、当事人、辩护人、代理人与法院之间已经形成相应的诉讼法律关系，如果再通过指定管辖变更审理法院，必然会引起相关法律关系的变动。就诉审关系而言，起诉发动审判，并限定审判范围，这是起诉产生的诉讼系属效力。因此，在审理过程中通过指定管辖变更审理法院时，首先需要解决如何处理控方的起诉问题。在上级法院指定管辖后，案件的审判管辖权虽已转移，但起诉对审判恒定的效力依然存在；即便法院将案卷和起诉书退回控方，也不能消除起诉书对法院的效力；而且，在法院已将起诉书送达被告人和辩护人的情况下，起诉书对被告人和辩护人的效力同样不会因为法院将案卷退回控方而消失，由此就会出现起诉效力尚在、但法院管辖权已经丧失的内在矛盾。此矛盾之解决，唯有起诉方撤回起诉才可彻底解决。否则，在指定管辖后，有关控方再次起诉，从而出现一案二诉并存的状况。在一案先后两次起诉的情况下，根据共同管辖的法理，案件只能由最初受理的法院审判，由此就使得指定管辖无法达到转移审判管辖权之目的。因此，在上级法院通过指定管辖变更审理法院以后，已经形成的辩审关系唯有通过控方撤回起诉的方式才能终结。
就辩审关系而言，一旦辩护人向法院提交委托书、律所公函等辩护手续，法院向辩护人送达了起诉书，就意味着辩护人与法院之间形成了辩审诉讼法律关系。上级法院的指定管辖，虽转移了法院的管辖权，但辩护人与法院之间的辩审法律关系并未因此而消灭。而且，在指定管辖后，辩护人与被指定管辖的法院之间新的辩审关系并不会自动形成。事实上，指定管辖后，案卷从法院倒流到起诉方；如果是公诉案件，先前起诉的检察院需要将案卷移送至被指定管辖法院对应的同级检察院，此时案件再次进入审查起诉程序，然后在起诉后案件才能到达被指定管辖的法院。此时辩护人如果要与被指定法院建立辩审关系，参与辩护活动，需要向被指定的法院提交委托书、律所公函等新的辩护手续。唯有此，辩护人与被指定法院之间的诉讼法律关系才得以形成。因此，对于原审理法院来说，在案件被指定管辖到其他法院后，虽然管辖权已被转移，但其与辩护人之间的辩审诉讼法律关系依然存在；此种辩审诉讼法律关系，唯有法院通过作出准予撤诉或终止审理裁定的方式才能结束。
综上，对于已经进入审理程序的案件，鉴于诉辩审三方诉讼法律关系已经形成，上级法院原则上不宜再通过指定管辖变更审理法院；确实有必要变更管辖法院的，原审法院应当建议控方撤回起诉，作出准予撤诉的裁定或者在起诉方拒绝撤回起诉时，作出终止审理之裁定，并将案卷退回起诉方，同时将准予撤诉或终止审理的裁定依法送达起诉方、当事人和辩护人。