某企业20×1年1月1日多缴增值税9万元，企业发现后一直没有申请退税，20×2年的10月，税务部门评估该企业20×1年度企业所得税少申报15万元，企业在20×2年11月1日对上年的企业所得税申报表进行更正申报，与多缴税款相抵后，补缴了税款6万元。
根据《国家税务总局关于企业所得税检查处罚起始日期的批复》（国税函[1998]63号）规定：“根据企业所得税暂行条例及有关规定，纳税人应按照规定期限报送年度企业所得税申报表。对年度企业所得税的检查，宜在纳税人报送年度企业所得税申报表之后进行。这种检查（包括汇算清缴期间的检查和汇算清缴结束后的检查）查补的税款，其滞纳金应从汇算清缴结束的次日起计算加收，罚款及其他法律责任，应按征管法的有关规定执行。”所以，补缴企业所得税的滞纳金应从20×2年6月1日开始计算，滞纳日期153天。
在计算滞纳金时，企业认为原来多缴的税款应抵减查补税款，然后计算滞纳金，计算过程如下：
应缴滞纳金=60000×153×0.5‰=4590元。
但这个计算是错误的，《国家税务总局关于应退税款抵扣欠缴税款有关问题的通知>(国税发〔2002〕150号 ）第四条规定：“关于抵扣凭证的使用及抵扣金额的确定
(一)当纳税人既有应退税款又有欠缴税款需要抵扣的，应由县或县以上税务机关填开《应退税款抵扣欠缴税款通知书》(式样见附件1，略)通知纳税人，并根据实际抵扣金额开具完税凭证。
(二)确定实际抵扣金额时，按填开《应退税款抵扣欠缴税款通知书》的日期作为计算应退税款的应付利息的截止期，计算应付利息金额及应退税款总额；按填开《应退税款抵扣欠缴税款通知书》的日期作为计算欠缴税款的滞纳金的截止期，计算应缴未缴滞纳金金额及欠缴税款总额。若应退总额大于欠缴总额，按欠缴总额确定实际抵扣金额；若应退总额小于欠缴总额，按应退总额确定实际抵扣金额。”
文件的附件2还举了实例。据此正确的计算方法应该是：
假定20×2银行活期存款年利率是0.35%。
１.计算应退总额
应退增值税9万元的应付利息＝90000×670/365×0.35%＝578.22元；
应退总额＝90000＋578.22＝90578.22元。
２.计算欠缴总额
欠缴企业所得税15万元的应缴滞纳金＝150000×153×0.5‰＝11475元；
欠缴总额＝150000＋11475＝161475元。
３. 因应退总额小于欠缴总额，故实际抵扣金额等于应退总额，为90578.22元。根据所属期先抵扣欠缴的企业所得税及应缴滞纳金90578.22元，其中抵扣欠缴企业所得税=90578.22/(1+153×0.5‰)=84141.40元，抵扣欠缴企业所得税84141.40元的应缴滞纳金=90578.22-84141.40=6436.82元。
４. 税务机关根据以上计算结果填开《应退税款抵扣欠缴税款通知书》及明细表，开具《更正（调库）通知书》通知国库调库。同时企业应补缴企业所得税及滞纳金：
应补缴企业所得税=150000-84141.40=65858.60元；
应缴滞纳金=65858.60×153×0.5‰=5038.18元。
如果认为执行这个文件计算过程太复杂，那还有简单的办法，就是该退的税办理退税，该补的税款补缴税款及滞纳金就行了，免得把自己绕晕了。