土地增值税清算审核的难点
( 一) 土地增值税清算单位的确定
要进行土地增值税清算首先要确定的是清算单位，清算单位的不同会导致清算结果的不同，而且有可能差异很大，因此准确确定清算单位，是土地增值税清算的核算内容。
国家税务总局针对房地产土地增值税清算管理问题颁布相关政策，其中明确规定，土地增值税通常是以国家相关部门审查的房地产开发项目作为统一单位进行核算，针对分期开发的土地项目，应该将分期项目作为清算单位。开发项目中同时涵盖普通住宅与非普通住宅，应该将其作为增值额进行计算。
( 二) 转让房地产收入总额的审核
销售合同，销售发票，销售台账(审核要点上述三项所载金额要一致)。
1.审核清查收入应该重视下列问题：房地产开发应该将开发产品作为职工福利、奖励、对外投资以及分红，债务抵偿等形式进行其他单位与个人非货币性资产交换，产生的所有权转移应该将其视作销售房地产确认收入。
2.将售房款长期挂往来帐，不及时结转销售收入。
3.销售价格的认定：销售房价以本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的价格为参考依据。
( 三) 扣除项目的审核
取得土地使用权金额的审核，开发成本的审核 开发间接费用的审核。由于税法规定一般房地产开发项目，在计算土地增值税时，可以根据土地使用权时所支付的金额与房地产开发成本之和总计为20% 优惠。所以应重点审核区分开发成本和开发费用的帐务记载情况，杜绝滥用税收优惠。在审核扣除项目时必须要遵循如下原则，第一就是针对票据合法性进行审核，尤其是要注重票据的真实性，在整个土地增值税核算过程中，对于其中扣除项目金额时，应该根据实际所产生的支出应该取得然而没有获得合法票据的无法进行扣除；第二就是实质重于形式原则，在对扣除项目金额当中将所归集各项成本、费用等实际产生再进行分摊的内容；第三就是要遵循相关性原则，在扣除项目的金额中必须要准确的在各扣除项目中进行分别归集，不能够进行混淆。
( 四) 审核项目重点关注问题
1.对于取得土地使用权支付金额和土地征用、拆迁补偿费等费用进行重点关注，关键是其中涵盖多个开发项目，针对是否给予分摊等进行充分的考核。
2.对前期工程费、基础设施费用进行审查应该重点关注，对于上述费用应该对其进行是否实际发生的判断。
3.在进行公共配套设施费的审核时一定要明确界定公共配套设施界限，有无预提公共配套设施费的情况产生。
4.建筑安装工程费审查应该根据发生费用是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工内容相符合；而且房地产开发企业在进行建筑材料通常是自购，因此自购建材费用是否重复纳入扣除项目需要重点考虑；依据项目当期类似房地产开发项目单位平均建安成本或者是当地建设主管部门所公布的单位进行成本定额，对建筑安装工程费用支出是否存在异常进行审查。
土地增值税的清算单位
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
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