《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条提到：使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
发票丢失可分为以下几种情况：
一、发票未开出即丢失;
二、发票开出未认证时丢失;
三、发票开出并认证时丢失。
下面就这几种情况的处理方法进行描述。
一、发票未开出就丢失：
1、购票单位应于事发当日书面报告国税机关，报告内容包括专用发票份数、字轨号码、盖章与否等情况;
2、通过国税机关在《中国税务报上》刊登“遗失申明”;
3、使用防伪税控系统开票的一般纳税人，还应持IC卡到国税机关办理电子发票退回手续。
二、发票已开出但未认证时丢失：
这种情况下又分为3种情况：
1、丢失发票联：
①使用专用发票抵扣联到主管税务机关(正常)认证;
②将专用发票抵扣联作为记账凭证;
③并用专用发票抵扣联复印件留存备查;
2、丢失抵扣联:
①使用专用发票发票联到主管税务机关(正常)认证;
②将专用发票发票联作为记账凭证;
③并用专用发票发发票联复印件留存备查;
3、丢失发票联和抵扣联：
购买方的处理方式：
①购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证;
②销售方所在地主管税务机关出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;
③认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证;
开票方的处理方式：
①提供发票复印件;
②开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;
③将两者交由收票方主管税务机关审核，同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
三、发票已开出且认证时丢失这种情形下分为下列3种情况：
1、丢失发票联：
①使用专用发票抵扣联作记账凭证;
②使用专用发票抵扣联复印件留存备查。
2、丢失抵扣联：使用专用发票发票联复印件留存备查;
3、丢失发票联和抵扣联：
①开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;
②由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。