电子承兑汇票背书转让主要操作流程主要包括客户、开户行、人民银行电子承兑汇票系统，每个行为步骤都包括行为申请和行为回复这两个动作。根据网络搜集资料显示，电子承兑汇票背书转让的大概流程是这样的，分六步：
1、承兑汇票背书人通过网上银行、银行柜台或其他电子终端登录，录入背书申请信息，使用背书人的数字证书加盖电子签名;
2、开户行审核背书人电子签名，通过后组成背书业务申请报文，使用开户行的数字证书加盖电子签名，并发给人民银行的电子商业汇票系统;
3、人民银行的电子商业汇票系统完成开户行电子签名是否准确有效、背书人是否是票据的持有人等审核后，将申请报文转发至被背书人开户行的接入系统;
4、被背书人开户行的接入系统核验报文的有效性，后将该申请信息通知或展示给被背书人，被背书人可以签收或者驳回该背书申请，并加盖自己的电子签名;
5、被背书人开户行的接入系统核验被背书人电子签名的有效性，核验通过后组成回复报文并加盖开户行的电子签名，将回复报文发往人民银行的电子商业汇票系统;
6、人民银行电子商业汇票系统核验签收报文的有效性后，如果为同意签收的回复报文，那么将票据所有人修改为被背书人并通知背书人;如果为驳回的回复报文，那么将驳回回复通知背书人。
在电子承兑汇票的被背书人发起回复之前，背书人和被背书人均可操作票据，即背书人可撤销背书申请，被背书人可回复(签收或驳回)背书申请，背书人与被背书人的电子汇票操作行为按照系统操作时间优先选择处理。
电子银行承兑汇票背书是指电子银行承兑汇票背书人依法将电子票据交付被背书人的行为。电子银行承兑汇票通过电子化的手段完成票据流转，电子银行承兑汇票背书人通过网上银行、银行柜台或其他电子终端登录，录入背书申请信息(包括票据信息、背书人信息、被背书人信息)，使用背书人的数字证书加盖电子签名;电子银行承兑汇票背书背书流转，在被背书人发起回复之前，背书人和被背书人均可操作票据，背书人可撤销背书申请，被背书人可回复(签收或驳回)背书申请。
此时，系统按照时间优先的原则进行处理：如背书人先撤销背书申请，则该背书申请已撤销，被背书人不能再进行背书回复操作;如被背书人先发起背书回复，则该背书申请按照被背书人的意思已签收或驳回，电子银行承兑背书人不能再撤销该背书申请。电子银行承兑背书应当基于真实、合法的交易关系和债权债务关系，或以税收、继承、捐赠、股利分配等合法行为为基础。
电子银行承兑汇票背书必须记载下列事项：一、背书人名称;二、被背书人名称;三、背书日期;四、背书人签章。在电子银行承兑出票人或背书人汇票上记载了“不得转让”事项的，电子商业汇票不得继续背书。票据在提示付款期后，不得进行转让背书。