传统意义上的税务稽查的职能是指税务稽查作为税务机关的执法行为之一在其发生、发展及终结过程中表现出来的固有功能。只要开展税务稽查，这些固有功能都会或多或少的发挥，其发挥的好坏，直接影响税务稽查基本任务的实现，这些功能为监督、惩处、教育、收入等。
结合当前征、管、查分工协作的职责要求，根据对税务稽查内涵新的界定，税务稽查一些职能得以强化，它应重新表述为具有四个主要职能：
(1)打击职能。开展税务稽查的最主要目的，就是严肃查处各种税收违法犯罪行为，严厉打击偷逃税分子，维护税法尊严，保障正常的税收秩序。
(2)震慑职能。通过对税收违法行为的查处打击，可以对那些心存侥幸、有潜在违法动机的纳税人起到震慑、警示和教育作用。
(3)促管职能。通过税务稽查可以发现税收征管中的漏洞和薄弱环节，提出加强和改进征管的措施建议，促进税收征管水平和质量的提高。
(4)增收职能。税务稽查可以作为堵塞税收漏洞的最后一道防线，把偷逃的税收追补回来，增加税收收入，减少税收流失。
而税务稽查的这四项主要职能，也有主次之分。其中，打击和震慑职能是税务稽查的主要职能和基本职能;而促管和增收职能只是税务稽查的辅助职能和派生职能。因为促管和增收并不是税务稽查的主要目的，而是税务稽查在履行了打击和震慑职能的基础上，客观上起到了“以查促管(监督、教育)”和“增加税收(收入)”的职能。那种把“促管”和“增收”作为稽查主要(基本)职能的观点，容易导致稽查在功能上的错位，直接影响税务稽查职能作用的发挥。
税务稽查的固有职能，决定了稽查在税收征管中“重中之重”的地位和作用，特别是随着新征管模式的实施，纳税人自主申报纳税和征、管、查专业化格局的形成，稽查的这种地位和作用更加凸显。一般性的税收漏洞随着纳税人素质的提高和税收征管手段的提高会自动修复，税收征管中的主要矛盾将是如何惩处极少数纳税人故意的、严重的违法犯罪行为。