1、税务
有限合伙企业与其他企业组织形态相比，很大的一个优势就在于其所享有的税务优惠上。在1986年美国联邦税收改革法之后，有限合伙风险投资企业的所有利润或亏损都被直接流入投资者个人名下，从而适用较低的个人所得税率，并且避免了公司股息分配盈利情况下的双重纳税问题。在1986年新税法的规定下，公司双重纳税的程度还取决于分红，分红越多，双重征税的程度也就越大。而投资处于创业阶段的合伙制风险投资企业，分红率越高，则避免双重纳税的好处也就越大。与其他组织形态相比，特别是与公司制组织形态相比较，风险投资企业选用有限合伙或被完善了的新型有限合伙组织形态后，在享受税收优惠方面具有不可比拟的税收优势。根据德国的法律规定，合伙的合伙人就其基于合伙份额获取的利润收入缴纳税金，合伙本身不需要缴纳所得税，但是合伙财务报告中所显示的年度盈利，必须包括在合伙人的报税单中。同时，当今各国对于企业征税的通常做法是：只有对具有法律上独立主体资格的企业才征收企业所得税;而对不具有法人资格的企业，如独资企业、合伙企业等直接征收投资人的个人所得税，而不征收其所得税。这一做法体现了税法上的主体资格原则，即只把在税法上具有人格的营业组织看成为纳税主体，征收其所得税;对不具有独立主体资格的营业组织应对其业主征收个人所得税。因此，合伙企业应被看成为直流课税主体。也就是说在税务上合伙企业只是一个管道，“合伙企业的收入、费用等，经过合伙企业，流入合伙人那里;然后再由合伙人分摊这些收入和费用，对于这些收入和费用纳税。合伙企业本身是空的，不留存任何东西，没有可以纳税的内容。”这是合伙的最大优势之一，也是合伙企业经久不衰的魅力之所在。在市场经济发达国家合伙制与公司制之间的不同税收安排，向来被看成是两类不同企业组织形态的重大区别，并作为当事人选择企业形态首先要考虑的依据之一。
由于我国在过去税收体制下长期实行的是企业所得税而不是法人所得税，因而在1994年的税制改革中并未接受企业所得税和个人所得税存在重复征税的观点。这就使得新的合伙企业制度体系设立后导致纳税义务人法律地位变化，引起了重复征税和税负不平等问题。对合伙人从合伙企业分得的利润还应征收个人所得税，适用比例税率20%，两项合计实际征收税率为46、4%。而如果合伙企业不作为课税主体，而是直接向合伙人课税，按照《中华人民共和国个人所得税法》第3条，“个体工商户的生产、经营所得应纳个人所得税”，其税率适用5～35%的超额累进税率，或者按20%交纳所得税，税率相差都很大。按我国现行制度，合伙人一方面要求承担连带无限责任，另一方面又要承担与有限责任公司的股东一样的税负。与此同时，在我国还面临着外籍个人不重复征税而国内合伙个人重复征税的尖锐矛盾。在加入WTO的今天，这对非法人企业参与市场竞争非常不利。现行的合伙立法和相关税法的法律设计，使得我国违背了当前世界各国税法的通常做法。我国合伙企业立法和相关配套的税收法律，为合伙企业在法律上设计了一套既要承担连带无限责任，又要承担双重税收的组织形态。这使得我国合伙企业组织形态对于投资者毫无吸引力可言，更让承担高风险和筹集高成本的风险投资者为之却步。实践中还发现合伙人为逃避不合理的税负，而通过集体企业的名义注册，或者通过假借贷实合伙的形式以达到其目的，导致市场管理的严重混乱。可见目前合伙企业在税务上的规定立法对于经济发展的阻碍。这样的法律制度不改，我国的有限合伙企业就很难有所发展。因为对于投资于高新技术项目、具有较大的风险性的企业来讲，如果税负过重，更会使其望而却步。因此，必须按照世界通行税收惯例予以改革。
但值得注意的是由于我国个人所得税制度仍不完善，缺乏配套的个人收入登记制度，对个人收入估算严重失真。在这样的情况下，如果直接采取国际通行惯例收税，很可能会导致大量税款流失，导致有限合伙成为名副其实的偷税漏税避风港。然而这一点并不是一部《有限合伙法》所能解决的，还有待于我国个人所得税制度的不断完善和发展。
2、责权利
有限合伙是最难维持的组织形式，因为每个合伙人的不合作行为都有可能导致整个合伙的解散，而且合伙人之间潜伏着许多利益冲突的可能。成功的合伙需要合伙人有共同的价值观、共同的奋斗目标，并且共同努力。从合伙制在美国的运作可以看出，合伙企业的行为所受的约束主要是合伙内部有限合伙人和普通合伙人之间、普通合伙人和普通合伙人之间的相互约束。这种合伙内部约束的执行比法律更及时和有效。同时，这种约束的内容由合伙人之间的讨价还价决定，有利于形成自发性的制度创新。由于创业投资独特的运作机制需要企业在进行经营管理时具有较大的自由和灵活性，因此普通合伙人与有限合伙人之间的权利、义务、责任的分配主要是依据合伙契约来设定的，有关企业的设立条件、出资方式、组织结构、经营范围、事务管理决议、收益分配、企业存续期限等具体事项，均可依双方当事人合意而定，不必拘泥于法律的硬性规定。所以，建立《有限合伙法》目的应该在于明确社会对合伙的约束，同时明确合伙的合法权益，而不应该对相关细节规定过细。由于各国立法上一般都不对有限合伙企业做过多限制，而给予其极大地自由。所以在有限合伙企业的经营过程中，其最重要的依据就是企业建立之初所签署的一纸协议。合伙各方的权利义务乃至纠纷的解决都必须以有限合伙的协议为准。而在处理对外关系时，此合伙协议也是第三方的重要参考依据。可以说，有限合伙的法律规定只是赋予了有限合伙企业以皮肉，而真正的灵魂则是来自于合伙人之间就责权利所达成的协议。既然有限合伙的协议地位如此重要，而在我国又没有任何先例可以遵循。所以在颁布相关法律的同时，建议同时由法学专家汲取欧美先进经验，制订《有限合伙制企业合伙协议范本》向社会公布，以供风险投资机构参考适用，对有限合伙制企业的顺利建立与运行相信也会起到良好的指导作用。
3、出资关系
劳务，资金，技术均可入股，具体比例由合伙人之间加以商定。这里可以参考美国《统一有限合伙法》的规定，其确认有限合伙的合伙协议是最具有权威性的法律文书。合伙企业的债权人和潜在的债权人应当直接从合伙所提供的协议和其他文书中寻求他们所关心的合伙的资本，财务状况。在这种制度下，技术成果的评估以及其所占出资比例完全由合伙人之间约定。具有更大的自主性和自由度，更加灵活的适应高科技企业的发展。我国在立法中也应当给与有限合伙企业相当大的自由度，不对具体的出资比例作出硬性规定。同时要求有限合伙的协议中必须对此加以明示宣布，以使相关投资者，债权人得以了解有限合伙企业的具体情况并作出判断。但这一点主要是针对无限合伙人。就出资方式而言，有限合伙人仅能以金钱、实物等财产权利出资。