在金蝶KIS系统中，会计科目体系是树形结构的，可以进行分级管理。
第一级科目组
第一级科目组会根据单位性质的不同有所区别：
企业性质下：系统将会计科目分为资产、负债、共同、权益、成本、损益、表外七大类，每组科目下面又进行了再次分类，科目分组目前分了两级，在前面的类别下又再分了一个类别，如资产分为流动资产和长期资产，在科目设置中必须选择某一个具体的科目类别。
在科目的第1级分组中，科目分为了七大类，前面已说过，这七类科目无论是名称还是代码都是不可以修改的。他们的编码分码规则是资产类代码以1开头，负债类代码以2开头，权益类是以3开头，成本是以5开头，共同是以6开头，表外科目以7开头，这七大类科目不能进行修改。
第一级以外的科目组
对于前面所提到的七大类科目下设置的各个科目组，可以对系统预设置的类别进行修改，如可以对流动资产进行名称的修改，也可以进行增加下级的明细。
修改科目组的操作步骤如下：
1. 在“基础设置—会计科目”界面中，选中某一个需要进行修改的科目组，如<流动资产>
2. 选择〖操作〗à〖修改科目〗，或者在科目上单击右键，在弹出的菜单上选择〖修改科目〗，进入“科目组编缉”界面。
3. 修改名称后，单击【确定】，完成科目组的修改。
科目组的新增操作步骤如下：
1. “基础设置—科目”界面中，单击某一个科目组，如<资产>或<流动资产>。
2. 选择〖操作〗à〖新增科目〗，或者单击右键，弹出功能菜单，选择〖新增科目〗，弹出“新增科目组”界面，在此可以录入相应的代码和名称。科目组新增时，代码也须遵守前面所提的代码规则，即资产为1开头等，在此不再重述。
3. 完成后，单击【确定】保存。
在科目组处选中某一个科目组，在右击弹出的功能菜单中进行科目组的处理，此时的功能菜单同选中某一个科目后弹出的右键菜单是一样，但实际实现的功能是不一样的，分别是科目组和具体科目的处理。
表外科目的使用
设置科目时，必须选择一个具体的科目类别，对于表外科目，则是同前面六类科目有很大的区别，如果在设置科目时，科目类别选取的是表外科目，则在凭证处理时，对于表外科目的凭证系统将不检查凭证的平衡关系，会计分录不平衡时也可保存。
表外科目使用的意义在于可以对一些事项做备查登记，记录一些数据，在账套中可以进行查询。具体使用时同一个普通的会计科目没有太大的差别。
表外科目和表内科目（表外科目以外的科目类别都是表内科目）不能同时出现在一张凭证中。如果在凭证录入时，既有表内科目又有表外科目，则该凭证无法保存。