1、计税方法不同。
一般纳税人采用购进扣税法，基本计算公式为：当期应纳税额=当期销项税额-当期进项税额小规模纳税人按照简易办法计算纳税，基本计算公式为：应纳税额=销售额×征收率
2、计税基数不同。
工业50万以下，商业80万以下为小规模;以上为一般纳税人。
3、税率不同。
一般纳税人为17%、13%的税率计税;小规模按3%计税。4、管理不同。一般纳税人增值税发票有专用发票和普通发票两种，专用票需要认证后才能抵扣;小规模纳税人只有一种发票，由于没有抵扣，不需要认证。
小规模纳税人特别提示
提示一：小规模纳税人可以去税务局申请代开，代开的增值税专用发票税率为3%。
提示二：小规模纳税人连续12个月提供应税货物劳务收入超过80万，提供应税服务超过500万，应按规定办理一般纳税人资格登记，否则税务机关将按增值税税率计算应纳税额。
提示三：作废发票、退票不能随意丢弃，下次购买发票时需要验旧。
提示四：税控器必须按月抄报税，非则将不能正常开票。
一般纳税人特别提示
提示1：一般纳税人取得的增值税专用发票必须在180内认证抵扣;
提示2：一般纳税人当月认证的增值税专用发票必须当月给会计入账，过期不能抵扣。
提示3：一般纳税人请当月25日-30日自行核算当月应纳增值税额，计算方式：本月应纳增值税额=本月销项税额-期末留抵税额-本月认证未抵扣税额;