1.代谢组学的研究方法
代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似，通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰，最终了解不同化合物的结构，建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。另一种方法是代谢轮廓分析（metabolomic profiling），研究人员假定了一条特定的代谢途径，并对此进行更深入的研究。
对于代谢产物来说，不仅只有质谱峰这个特征。更进一步说，质谱（MS）并不能检测出所有的代谢产物，并不是因为质谱的灵敏度不够，而是由于质谱只能检测离子化的物质，但有些代谢产物在质谱仪中不能被离子化。采用核磁共振（NMR）的方法，可以弥补色谱的不足。剑桥大学的Jules Griffin博士，正在使用质谱与核磁共振结合的方法，试图建立机体中的完整代谢途径图谱。Griffin用核磁共振检测高丰度的代谢产物，由于核磁共振检测的灵敏度不高，所以只用于分析低丰度代谢产物。
过去，只有毒理学方面的研究使用核磁共振，而质谱只在植物代谢研究中采用。如今，这两种方法在代谢组学研究中已经普遍使用。为在不同样品间进行有意义的比较，研究人员必须结合使用这两种方法获得的大量数据进行分析。此外，还需要结合基因组学研究获得的数据。
Gary Siuzdak博士在美国克利普斯研究院（TSRI）从事生物信息学问题的研究，他设计了一个分析来自不同样品代谢产物变化的实验方案。研究人员可以通过生物信息学软件XEMS比较不同的数据，从而识别出代谢产物。软件提供了所有代谢产物的分子量数据，这些代谢产物浓度因不同的个体而变化。公众可以从网上免费获取这些数据。
Siuzdak博士表示，他们正采用综合研究的方法进行代谢组学研究，试图检测出尽可能多的代谢产物，超越人们过去使用方法所能达到的目标。通过个体研究，希望能在一定程度上识别出与应激有关的新分子，这些应激物可能是一种疾病，一种敲除酶，或者是其他的物质。
2.代谢组学分析的方法和特点是什么
在进行代谢组学分析时，应充分考虑所选方法的特点和局限性。
例如，如果所采用的方法不包括有效的代谢淬灭步骤，那么就不适合于不稳定代谢物的鉴定，因为这些物质很容易受到样本中残留酶的影响。如果样本量非常珍贵和有限，可以通过SPME或DBS技术，在以简便处理样品的同时，很大限度地减少分析所需的样品量，并缩短样品的制备程序。
此外，由于在代谢组学研究中通常不使用分馏法，这与蛋白质组学不同，蛋白质组学的样品复杂程度很高，通过需要进行分馏分处理。然而，最近的一项研究表明，在液相色谱-质谱分析之前，使用效率高的液相色谱分离后进行化学衍生以增加疏水性，显著提高了尿液中代谢物的覆盖率。
这个例子显示了预分馏技术的潜在效用，相信这种方法在将来可能变得更加普遍，适用性更强。