公司在税务局系统上有违法违章记录这个记录能清除
税务违法记录不能消除，当事人再次发生税务违法行为时，违法记录是再次处罚时的依据。刑法规定：经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。
法条链接《刑法》第二百零一条 【逃税罪】
1、纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
2、扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，数额较大的，依照前款的规定处罚。
3、对多次实施前两款行为，未经处理的，按照累计数额计算。
4、有第一款行为，经税务机关依法下达追缴通知后，补缴应纳税款，缴纳滞纳金，已受行政处罚的，不予追究刑事责任；但是，五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或者被税务机关给予二次以上行政处罚的除外。
虚开增值税专用发票罪
【三年以下有期徒刑、拘役量刑格】虚开增值税专用发票税款数额1万元或使国家税款被骗取5000元的，基准刑为有期徒刑六个月;虚开的税款数额每增加3 000元或实际被骗取的税款数额每增加1 500元，刑期增加一个月。
虚开增值税专用发票税款数额不满1万元或使国家税款被骗取不满5000元的，情节严重的，可以本罪论处，基准刑为拘役刑。
【三年以上十年以下有期徒刑量刑格】虚开增值税专用发票税款数额10万元或使国家税款被骗取5万元的，或有其他严重情节的，基准刑为有期徒刑三年;虚开的税款数额每增加6 000元或实际被骗取的税款数额每增加3 000元，刑期增加一个月。
【十年以上有期徒刑量刑格】虚开增值税专用发票税款数额50万元或使国家税款被骗取30万元的，基准刑为有期徒刑十年;虚开的税款数额每增加1万元或实际被骗取的税款数额每增加5 000元，刑期增加一个月。
【缓刑适用书】有下列情形之一的，不适用缓刑：
(一)虚开增值税专用发票税款数额30万元以上或使国家税款被骗取25万元以上的;
(二)曾因虚开增值税专用发票被行政处罚或判刑的;
(三)虚开增值税专用发票累计5次以上的;
(四)未按规定缴纳60%以上罚金的。
单位虚开发票构成虚开增值税发票罪，虚开增值税专用发票税款数额1万元或使国家税款被骗取5000元的，基准刑为有期徒刑六个月，虚开增值税专用发票税款数额10万元或使国家税款被骗取5万元的属于情节严重的情况。
公司在税务局系统上有违法违章记录这个记录能清除吗？企业发生违法违章，税务机关对其进行处罚，并记录在案，这个记录个人是不能消除的。只能说在之后的申报纳税时，要按照规章制度办事。