税率调整农产品加计扣除的税会处理
《财政部 税务总局 海关总署关于增值税改革有关政策的公告》（财政部、国家税务总局、 海关总署公告2019年第39号，以下简称39号公告）规定，纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即对农产品深加工给予1%的加计扣除。
例：某食品有限公司是增值税一般纳税人，加工生产各类水果罐头，适用增值税税率为13%。2019年5月，从一般纳税人处购入黄桃100吨，含税单价8720元/吨，取得增值税专用发票，发票上注明税款为72000元，并于发票取得当月通过增值税发票选择确认平台勾选认证。从农户处收购桔子50吨，单价3000元/吨，按规定开具农产品收购发票。从小规模纳税人处购入菠萝80吨，含税单价4120元/吨，取得税务机关代开的增值税专用发票，全部用于生产水果罐头。6月份生产领用80吨黄桃、50吨桔子和70吨菠萝。
原材料购入时，按规定确认原材料价值及对应的进项税额。具体会计处理如下：
借：原材料——黄桃
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
借：原材料——桔子
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：现金
借：原材料——菠萝
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
生产领用时，按规定计算农产品进项税额加计扣除。具体会计处理如下：
借：生产成本——基本生产成本（直接材料）
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：原材料——黄桃
原材料——桔子
原材料——菠萝。
农产品加计扣除抵扣凭证及进项税额确定
农产品加计扣除是基于其进项税额计算而得。农产品进项税额依据扣除凭证不同，其进项税额的确定也有所不同，主要包括以下三种类型。
（一）取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。
（二）取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。需要注意的是，不论收购或销售发票，必须是农业生产者销售自产农产品适用免税政策开具的普通发票。取得批发零售环节纳税人销售免税农产品开具的免税发票，不得计算抵扣进项税额。
（三）从按简易计税方法依3%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。这里强调取得的必须是专票，如果取得小规模纳税人开具的增值税普通发票，不得计算抵扣进项税额。
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